¿CNAME a AWS Public DNS?

Sí, puedes hacerlo, pero el nombre del DNS público de la instancia cambiará cada vez que se inicie una instancia. Las mejores opciones son usar la IP elástica (EIP) o trabajar detrás de un equilibrador de carga elástica (ELB). Ambas opciones serían mejores para apuntar una entrada de DNS y podrían permanecer iguales en los reinicios de las instancias. Usarías una entrada CNAME para ELB y podrías usar un registro A o CNAME para la opción EIP. La ventaja de la opción ELB es que podrías tener múltiples instancias de EC2 detrás de ella dándote una mayor tolerancia a las fallas.