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Error de instalación de ubuntu 16 de Avagadro 1.2. Hacer CMAKE

He estado tratando de instalar Avogadro 1.2 en ubuntu 16.4 he seguido todos los pasos y se instala todas las dependencias que faltan y finalmente terminar con este error al compilar: cmake ../ y hacer el comando de paso de acuerdo con el archivo de instalación de la instrucción.

He probado diferentes versiones de avogadro de su propio sitio de github todos endup mismo error. También he eliminado eigen3 e instalado eigen2 versión, pero con el mismo problema.

Pero funciona bien en ubuntu bionic bcoz es paquete predeterminado. https://launchpad.net/ubuntu/+fuente/avogadro/1.2.0-4build1

Así que si alguien me guía con la instalación desde el enlace de arriba o corregir el siguiente error, estoy feliz.

surya@surya-Inspiron-N5010:~/avogadro-master/build$ make
[  0%] Generating moc_elementcolor.cxx
Scanning dependencies of target elementcolor
[  0%] Building CXX object libavogadro/src/colors/CMakeFiles/elementcolor.dir/elementcolor.cpp.o
In file included from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h:33:0,
                 from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h:42,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/colors/elementcolor.cpp:31:
/usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/base.h:287:68: warning: unused parameter ‘replaceNewlines' [-Wunused-parameter]
       virtual const char  *GetTitle(bool UNUSED(replaceNewlines) = true) const { return "";}
                                                                    ^
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/colors/CMakeFiles/elementcolor.dir/moc_elementcolor.cxx.o
[  1%] Linking CXX static library elementcolor.a
[  1%] Built target elementcolor
[  1%] Generating ui_bsdysettingswidget.h
[  1%] Generating moc_bsdyengine.cxx
Scanning dependencies of target bsdyengine
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/engines/CMakeFiles/bsdyengine.dir/bsdyengine.cpp.o
In file included from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h:33:0,
                 from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h:42,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/engines/bsdyengine.cpp:39:
/usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/base.h:287:68: warning: unused parameter ‘replaceNewlines' [-Wunused-parameter]
       virtual const char  *GetTitle(bool UNUSED(replaceNewlines) = true) const { return "";}
                                                                    ^
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/engines/CMakeFiles/bsdyengine.dir/moc_bsdyengine.cxx.o
In file included from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitivelist.h:29:0,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/engine.h:37,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/src/engines/../../../../libavogadro/src/engines/bsdyengine.h:29,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/src/engines/moc_bsdyengine.cxx:9:
/home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitive.h:42:23: warning: ‘Avogadro::FALSE_ID' defined but not used [-Wunused-variable]
   const unsigned long FALSE_ID = std::numeric_limits<unsigned long>::max();
                       ^
[  1%] Linking CXX static library bsdyengine.a
[  1%] Built target bsdyengine
[  1%] Generating qrc_navigatetool.cxx
[  1%] Generating moc_navigatetool.cxx
[  1%] Generating ui_navigatesettingswidget.h
Scanning dependencies of target navigatetool
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/navigatetool.cpp.o
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/eyecandy.cpp.o
In file included from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/painter.h:33:0,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/tools/eyecandy.cpp:30:
/home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitive.h:42:23: warning: ‘Avogadro::FALSE_ID' defined but not used [-Wunused-variable]
   const unsigned long FALSE_ID = std::numeric_limits<unsigned long>::max();
                       ^
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/moc_navigatetool.cxx.o
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/qrc_navigatetool.cxx.o
[  2%] Linking CXX static library navigatetool.a
[  2%] Built target navigatetool
[  2%] Generating libavogadro_sv.qm
lconvert: could not exec '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/qt4/bin/lconvert': No such file or directory
libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/build.make:486: recipe for target 'libavogadro/src/libavogadro_sv.qm' failed
make[2]: *** [libavogadro/src/libavogadro_sv.qm] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:148: recipe for target 'libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/all' failed
make[1]: *** [libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/all] Error 2
Makefile:149: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

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Mark Puntos 1

Usted puede ver las revisiones de esta respuesta , para obtener la confirmación de que la versión 1.2 no compilar en Ubuntu 16.04 LTS debido a problemas con OpenBabel funciones y dependencias relacionadas.

Por lo tanto consideramos que el uso de schroot mecanismo. Se va a crear pequeñas 18.04 LTS sistema dentro de su actual 16.04 LTS sistema. Ambos utilizan el mismo sistema de ficheros.

Para la instalación de schroot usted necesita para ejecutar los comandos siguientes (solo copiar y pegar):

sudo apt-get install schroot debootstrap -y

cat <<EOF | sudo tee /etc/schroot/chroot.d/bionic.conf
[bionic]
description=Ubuntu 18.04
directory=/srv/chroot/bionic
root-users=$USER
type=directory
users=$USER
EOF

sudo mkdir -p /srv/chroot/bionic
sudo debootstrap bionic /srv/chroot/bionic

cat <<EOF | sudo tee /srv/chroot/bionic/etc/apt/sources.list
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted universe multiverse
EOF

schroot -c bionic -u root apt-get update
schroot -c bionic -u root apt-get install avogadro

Para ejecutar Avogardo 1.2 desde la terminal necesita ejecutar:

schroot -c bionic env DISPLAY=:0.0 avogadro

Opcionalmente puede crear Avogadro.desktop archivo y colocarlo en el Escritorio:

cat <<EOF > ~/Desktop/Avogadro.desktop
[Desktop Entry]
Version=1.2
Name=Avogadro
GenericName=Advanced molecular editor
Comment=Molecular Graphics and Modelling System
Exec=schroot -c bionic env DISPLAY=:0.0 avogadro
Icon=/srv/chroot/bionic/usr/share/pixmaps/avogadro-icon.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Qt;Science;Chemistry;Physics;Education;
StartupNotify=true
MimeType=chemical/x-cif;chemical/x-cml;chemical/x-daylight-smiles;chemical/x-gamess-input;chemical/x-gamess-output;chemical/x-gaussian-log;chemical/x-mopac-out;chemical/x-pdb;chemical/x-xyz;chemical/x-gaussian-checkpoint;chemical/x-gaussian-cube;chemical/x-qchem-output;
EOF

chmod +x ~/Desktop/Avogadro.desktop

Y disfrutar de la aplicación:

Avogadro 1.2 on 16.04 LTS

0voto

waltinator Puntos 7011
<pre><code></code><p>¿Necesita instalar algunos de estos paquetes?</p></pre>

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