Las carpetas de datos de la aplicación almacenan información por usuario para aplicaciones, por lo que si elimina archivos del directorio de datos de aplicaciones de una aplicación, es probable que tenga que recrear esos datos a partir de valores predeterminados. En efecto, el programa olvidará que lo has utilizado antes, las opciones de configuración que hayas podido hacer, archivos guardados (como archivos de guardado de juegos), etc.
Te recomendaría utilizar una herramienta como windirstat para determinar dónde se está utilizando el espacio y qué aplicación(es) dependen de él. A partir de ahí, puedes empezar a determinar el impacto de tu eliminación propuesta.
Consulta aquí para obtener más información relacionada con tu consulta: http://www.pcworld.com/article/2690709/windows/whats-in-the-hidden-windows-appdata-folder-and-how-to-find-it-if-you-need-it.html
Como se comentó, algunas aplicaciones como WSL y aplicaciones de la tienda de Windows dependerán en gran medida del almacenamiento de datos de la aplicación, hasta el punto de que eliminar los archivos de los datos de la aplicación es equivalente a desinstalar la aplicación (de una manera torpe e inadecuada), por lo que entender la forma en que una aplicación en particular utiliza los datos de la aplicación es bastante importante al determinar lo que se puede eliminar.
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No, no es seguro. Incluso si eliminas esta carpeta, se volverá a crear, pero también perderás todos los datos de tus aplicaciones almacenadas. Si estás dispuesto a perder TODA tu configuración (correos electrónicos de Outlook, perfiles de navegadores), siéntete libre de hacerlo, pero como dije, los datos volverán.