Tcptrack muestra conexiones en estado SYN_SENT, ¿eso significa que el paquete SYN llegó al servidor?

Significa que el SYN fue enviado por el cliente y o no alcanzó el servidor, el servidor no respondió a él, o el servidor optó por responder a él sin llevar un registro de él. El servidor no necesita llevar un registro de cada respuesta SYN que envía (y puede usar cookies SYN) porque pueden ser falsificados y hacerlo crea un riesgo de ataques de denegación de servicio.

Cuando recibo tráfico 'no deseado', es decir, tráfico que ha sido específicamente bloqueado por reglas de IPTABLES (es decir, siendo DROPpeado), el tcptrack muestra la dirección IP de origen junto con el estado SYN_SENT (junto con el tiempo de conexión y la tasa de datos de 0b/seg). Esa lista se mantiene allí durante unos segundos hasta que se borra.

Entonces, es posible que las conexiones que estás viendo estén bloqueadas por alguna razón. Las direcciones IP que aparecen con SYN_SENT podrían estar bloqueadas debido a DROPs de IPTABLES. Podrías desactivar IPTABLES por un momento y ver si continúa. Si es así, asegúrate de que las direcciones que están siendo bloqueadas lo deben estar.