No puedo entender por qué este regex no se aplica

El regex en sí mismo funciona bien, como muestra este ejemplo en Python:

import re
print re.sub(r"(JohnDoe)",
             r"\1",
             "JohnDoe")
# Imprime JohnDoe

(asumiendo que Privoxy utiliza la misma sintaxis de regex, exceptuando la diferencia entre \1 y $1, pero parece que lo hace.)

Supongo que el problema radica en otro lugar: prueba un regex que no pueda fallar, como reemplazar a por b

Gracias chicos. Resulta que Privoxy era codicioso, y no me di cuenta de que estaba consumiendo mucha más datos de los que pensaba.

No estoy seguro de qué motor de RE estás usando, pero intenta cambiar el $1 a \1, así es como generalmente se hacen referencia a las referencias anteriores en perl, al menos.