Absolutamente se debe trabajar. Yo estaba haciendo que las edades para juegos así, aunque ahora con el Vapor de la revolución Linux no he iniciado Windows por meses.
Yo tenía mis particiones totalmente independiente, como usted propone, y que no tenía ningún problema en absoluto. No había compartido particiones. Mi partición de intercambio es de 36 GB, un poco más de dos veces mi memoria RAM (16 GB).
El único problema es que la hibernación es un poco inestable en Linux a veces. Probablemente el 20% del tiempo, de que se estrellara cuando hibernando o de la reanudación. (Esto fue hace un año, así que las cosas han cambiado, o ser diferentes en su sistema. Después me compré un SDD de inicio y el tiempo se reduce considerablemente, acabo de reiniciar en lugar de hibernación.)
Incluso tengo un script que pueda ser útil. Es posible que necesite cambiar el nombre y la ubicación de la partición de Windows.
#!/usr/bin/env bash
# hibernate and restart in Windows for only the next time.
# requires /etc/default/grub has "GRUB_DEFAULT=saved"
# get the correct name from /boot/grub/grub.cfg
sudo grub-reboot "Windows 7 (loader) (on /dev/sdb2)"
# or use the number, i.e.
# WINDOWS_ENTRY=`grep menuentry /boot/grub/grub.cfg | grep --line-number Windows`
# MENU_NUMBER=$(( `echo $WINDOWS_ENTRY | sed -e "s/:.*//"` - 1 ))
# sudo grub-reboot $MENU_NUMBER
sudo dbus-send --system --print-reply --dest=org.freedesktop.UPower /org/freedesktop/UPower org.freedesktop.UPower.Hibernate
# if this fails, you can try ---> sudo pm-hibernate