Una opción es utilizar unix2dos
(y dos2unix
para volver atrás) en la línea de comandos.
Otra es utilizar un editor de texto:
En el caso de vi: :set ff=dos para que los finales de línea sean finales de línea dos.
Para emacs: C-x [ENTER] f dos [ENTER]
Para tu editor favorito basado en GUI (por ejemplo, jedit) te recomiendo que consultes el manual o Google.
Por último, si no quieres lidiar con un editor de texto y lo haces con utilidades más comunes y demás (o no tienes instalado unix2dos):
tr -d '\r' < infile > outfile
para pasar de Windows -> Unix
awk 'sub("$", "\r")' unixfile.txt > winfile.txt
para pasar de Unix -> Windows como tr
no puede pasar de Unix a Windows.