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¿Por qué un directorio copiado con el comando cp es más pequeño que el original?

Estoy atando a copiar un directorio con un gran número de archivos a otro destino. Yo:

cp -r src_dir another_destination/

Entonces yo quería confirmar que el tamaño del directorio de destino es el mismo que el original:

du -s src_dir
3782288 src_dir

du -s another_destination/src_dir
3502320 another_destination/src_dir

Entonces tuve un pensamiento que puede haber varios enlaces simbólicos que no son seguidos por el cp comando y se añade el -a flag:

-una Misma -pPR opciones. Conserva la estructura y los atributos de los archivos, pero no la estructura de directorios.

cp -a src_dir another_destination/

pero du -s me dio los mismos resultados. Es interesante que tanto el de origen y de destino tienen el mismo número de archivos y directorios:

tree src_dir | wc -l
    4293

tree another_destination/src_dir | wc -l
    4293

¿Qué estoy haciendo mal que obtengo de diferentes tamaños con el du comando?

ACTUALIZACIÓN

Cuando trato de entrar tamaño de cada uno de los directorios con el du comando puedo obtener diferentes resultados:

du -s src_dir/sub_dir1
1112    src_dir/sub_dir1

du -s another_destination/src_dir/sub_dir1
1168    another_destination/src_dir/sub_dir1

Cuando puedo ver los archivos con ls -la, individuales tamaños de los archivos son los mismos, pero los totales son diferentes:

ls -la src_dir/sub_dir1
total 1168
drwxr-xr-x     5 hirurg103  staff     160 Jan 30 20:58 .
drwxr-xr-x  1109 hirurg103  staff   35488 Jan 30 21:43 ..
-rw-r--r--     1 hirurg103  staff  431953 Jan 30 20:58 file1.pdf
-rw-r--r--     1 hirurg103  staff  126667 Jan 30 20:54 file2.png
-rw-r--r--     1 hirurg103  staff    7386 Jan 30 20:49 file3.png

ls -la another_destination/src_dir/sub_dir1
total 1112
drwxr-xr-x     5 hirurg103  staff     160 Jan 30 20:58 .
drwxr-xr-x  1109 hirurg103  staff   35488 Jan 30 21:43 ..
-rw-r--r--     1 hirurg103  staff  431953 Jan 30 20:58 file1.pdf
-rw-r--r--     1 hirurg103  staff  126667 Jan 30 20:54 file2.png
-rw-r--r--     1 hirurg103  staff    7386 Jan 30 20:49 file3.png

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